La première histoire tourne atour de deux filles, Misumi Nagisa et Yukishiro Honoka, qui rencontrent Mipple et Mepple, deux fées du Jardin de Lumière. Ces fées leur donnent les moyens de lutter contre les forces de Dark Zone :une dimension du mal qui a envahi le Jardin de Lumière et où est maintenant en train de faire la même chose au Jardin des Arc-en-ciel, la Terre. La quête initiale de la série était que Cure Black et Cure White cherchent les Prism Stones, et les placent dans le Prisl Hopish. L'Hopish est protégé par le Gardien, Wisdom. Une fois qu'elles ont découvert toutes les Prism Stones, leurs pouvoirs les conduit au Jardin de Lumière, où les dommages causés par la Dark Zone sont effacés par le pouvoir des Prism Stones. Plus tard dans la série, Porun, le Prince du Jardin de Lumière donne aux Pretty Cure un nouveau pouvoir, les bracelets Arc-en-ciel pour vaincre Dark King.

Pretty Cure Max Heart reprend l'histoire de Nagisa et d'Honoka au moment où elles rencontrent la mystérieuse Kujou Hikari, se révélant être la « vie » de la Reine, celle-ci n'a aucun souvenir de sa vie antérieure ni de ses pouvoirs qui sont sous la forme d'« Heartiel ». Mais quand le duo de Pretty Cure tente de trouver les Heartiels, les revenants de la Dark Zone protègent un garçon suspecté d'être la « Vie » de Dark King. Cure Black et Cure White vont se battre de nouveau contre leurs ennemis avec l'aide d'Hikari sous la forme de Shiny Luminous.